Os objetivos da disciplina de Embriologia Comparada são: 

Geral: Fornecer noções básicas de embriologia, que servirão como alicerce para as demais disciplinas.

Específicos:

1. Possibilitar aos estudantes a compreensão dos conceitos da embriologia comparada e sua relação com o processo evolutivo.

2. Capacitar os estudantes para o diagnóstico de estruturas embrionárias e para a interpretação das variáveis morfogenéticas decorrentes do desenvolvimento.

3. Transmitir uma visão geral e atualizada da embriologia aplicada, relacionando os conceitos básicos de embriologia com alterações ambientais e seus efeitos no desenvolvimento.

4. Relacionar conhecimento teórico e prático para a contextualização dos conceitos na prática docente.